Index

A

accurate_coi_scalogram() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram method) analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity module analyseur.cbgtc.curate module analyseur.cbgtc.loader module analyseur.cbgtc.parameters module analyseur.cbgtc.stats.compute_shared module analyseur.cbgtc.stats.isi module analyseur.cbgtc.stats.pca module analyseur.cbgtc.stats.popact module analyseur.cbgtc.stats.psd module analyseur.cbgtc.stats.psth module analyseur.cbgtc.stats.rate module analyseur.cbgtc.stats.sync module analyseur.cbgtc.stats.variation module analyseur.cbgtc.stats.wavelet module analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib module analyseur.cbgtc.visual.composite.observables module analyseur.cbgtc.visual.connections module analyseur.cbgtc.visual.distribution module analyseur.cbgtc.visual.markerplot module

analyseur.cbgtc.visual.measurable module analyseur.cbgtc.visual.peristimulus module analyseur.cbgtc.visual.popact module analyseur.cbgtc.visual.popurate module analyseur.cbgtc.visual.powspec module analyseur.cbgtc.visual.rate module analyseur.cbgtc.visual.scalo module analyseur.cbgtc.visual.tabular module analyseur.cbgtc.visual.variation module analyseur.rbcbg.curate module analyseur.rbcbg.loader module analyseur.rbcbg.parameters module analyseur.rbcbg.stats.psd module analyseur.rbcbg.visual.powspec module analyseur.rbcbg.visual.rate module analytics() (analyseur.cbgtc.visual.popurate.PSRH method) analyze() (analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity.Sparsity class method) analyze_energy() (analyseur.cbgtc.stats.psth.PSTH static method) analyze_rate() (analyseur.cbgtc.stats.psth.PSTH static method) analyze_temporal() (analyseur.cbgtc.stats.psth.PSTH static method) apply_highpass_filter() (in module analyseur.rbcbg.curate) autocorr() (in module analyseur.cbgtc.stats.compute_shared)

B

bg_to_thalamus() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method) bin_size_by_rule() (in module analyseur.cbgtc.parameters) (in module analyseur.rbcbg.parameters)

biointerpret_sparsity_index() (analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity.Sparsity static method)

C

cbgtc.model_topography module cbgtc.observables module cbgtc.osc_regime module cbgtc.raster_150neurons_1s module cbgtc.raster_all_neurons module CommonLoader (class in analyseur.cbgtc.loader) (class in analyseur.rbcbg.loader) compute() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method) (analyseur.cbgtc.stats.pca.PCA class method) compute_avgPSTH() (analyseur.cbgtc.stats.psth.PSTH class method) compute_basic() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) compute_basic_slide() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) compute_complexity_pdf() (analyseur.cbgtc.stats.popact.PopAct static method) compute_cwt_avg() (analyseur.cbgtc.stats.wavelet.ContinuousWaveletTransform class method) compute_cwt_sum() (analyseur.cbgtc.stats.wavelet.ContinuousWaveletTransform class method) compute_fano_factor() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method)

compute_fano_factor_multibins() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) compute_for_rate() (analyseur.cbgtc.stats.psd.PowerSpectrum class method) (analyseur.rbcbg.stats.psd.PowerSpectrum class method) compute_for_spike() (analyseur.cbgtc.stats.psd.PowerSpectrum class method) compute_grand_mean() (in module analyseur.cbgtc.stats.compute_shared) compute_pairwise_ci() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) compute_pairwise_corr() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) compute_poolPSTH() (analyseur.cbgtc.stats.psth.PSTH class method) compute_spectrogram() (analyseur.rbcbg.stats.psd.PowerSpectrum class method) compute_stats() (analyseur.cbgtc.visual.tabular.SpikingStats method) compute_stft() (analyseur.rbcbg.stats.psd.PowerSpectrum static method) compute_sync_index_from_PSTH() (analyseur.cbgtc.stats.sync.Synchrony class method) computeCV() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method) computeCV2() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method) computeLV() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method) Conn (class in analyseur.cbgtc.visual.connections) connections_bar_chart() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) ContinuousWaveletTransform (class in analyseur.cbgtc.stats.wavelet) correlation_time() (in module analyseur.cbgtc.stats.compute_shared) cortex_to_bg() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method) cortex_to_thalamus() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method) count_allspikes_per_bin() (analyseur.cbgtc.stats.popact.PopAct class method)

D

detrend_rates() (in module analyseur.rbcbg.curate)

E

eigenspectrum() (analyseur.cbgtc.stats.pca.PCA static method) extract_modelID() (analyseur.rbcbg.loader.LoadRates method)

extract_nucleus_name() (analyseur.cbgtc.loader.LoadSpikeTimes method) (analyseur.rbcbg.loader.LoadRates method) extract_percentage() (analyseur.rbcbg.loader.LoadRates method)

F

FetchConnectionList (class in analyseur.cbgtc.loader)

filter_rates() (in module analyseur.rbcbg.curate) freq_window_to_scales() (analyseur.cbgtc.stats.wavelet.ContinuousWaveletTransform static method)

G

get_binary_spiketrains() (in module analyseur.cbgtc.curate) get_count_rate_matrix() (analyseur.cbgtc.stats.rate.Rate class method) get_desired_spiketimes_subset() (in module analyseur.cbgtc.curate) get_mean_rates() (analyseur.rbcbg.loader.LoadRates method) get_measurables() (analyseur.cbgtc.loader.LoadChannelIorG method) (analyseur.cbgtc.loader.LoadMembraneVorI method) get_observables() (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib) (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.observables) get_rates() (analyseur.rbcbg.loader.LoadRates method)

get_region_name() (analyseur.cbgtc.loader.CommonLoader method) (analyseur.rbcbg.loader.CommonLoader method) get_spike_activity_matrix() (analyseur.cbgtc.stats.pca.PCA static method) get_spiketimes_subset() (analyseur.cbgtc.loader.LoadSpikeTimes static method) get_spiketimes_superset() (analyseur.cbgtc.loader.LoadSpikeTimes method) global_stats() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) grand_mean_freq() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method) grandCV() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method) grandCV2() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method) grandLV() (analyseur.cbgtc.stats.variation.Variations class method)

I

inst_rates() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method)

interpret_sparsity_index() (analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity.Sparsity static method) InterSpikeInterval (class in analyseur.cbgtc.stats.isi)

L

load_measurables() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) LoadChannelIorG (class in analyseur.cbgtc.loader)

LoadMembraneVorI (class in analyseur.cbgtc.loader) LoadRates (class in analyseur.rbcbg.loader) LoadSpikeTimes (class in analyseur.cbgtc.loader)

M

main() (in module cbgtc.model_topography) (in module cbgtc.observables) (in module cbgtc.osc_regime) (in module cbgtc.raster_150neurons_1s) (in module cbgtc.raster_all_neurons) (in module rbcbg.spectrograms) mathinterpret_sparsity_index() (analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity.Sparsity static method) matlab_jet_cmap() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram static method) mean_freqs() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method) mean_rate() (analyseur.cbgtc.stats.rate.Rate class method) module analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity analyseur.cbgtc.curate analyseur.cbgtc.loader analyseur.cbgtc.parameters analyseur.cbgtc.stats.compute_shared analyseur.cbgtc.stats.isi analyseur.cbgtc.stats.pca analyseur.cbgtc.stats.popact analyseur.cbgtc.stats.psd analyseur.cbgtc.stats.psth analyseur.cbgtc.stats.rate analyseur.cbgtc.stats.sync analyseur.cbgtc.stats.variation analyseur.cbgtc.stats.wavelet analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib analyseur.cbgtc.visual.composite.observables analyseur.cbgtc.visual.connections analyseur.cbgtc.visual.distribution analyseur.cbgtc.visual.markerplot analyseur.cbgtc.visual.measurable analyseur.cbgtc.visual.peristimulus analyseur.cbgtc.visual.popact analyseur.cbgtc.visual.popurate analyseur.cbgtc.visual.powspec analyseur.cbgtc.visual.rate analyseur.cbgtc.visual.scalo analyseur.cbgtc.visual.tabular analyseur.cbgtc.visual.variation analyseur.rbcbg.curate analyseur.rbcbg.loader analyseur.rbcbg.parameters analyseur.rbcbg.stats.psd analyseur.rbcbg.visual.powspec analyseur.rbcbg.visual.rate cbgtc.model_topography cbgtc.observables cbgtc.osc_regime cbgtc.raster_150neurons_1s cbgtc.raster_all_neurons rbcbg.spectrograms

O

overall_connections_bar_chart() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method)

P

participation_ratio() (analyseur.cbgtc.stats.pca.PCA static method) PCA (class in analyseur.cbgtc.stats.pca) plot() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) (analyseur.cbgtc.visual.popurate.PSRH method) (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) (analyseur.cbgtc.visual.tabular.SpikingStats method) plot_aggstat() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_aggstat_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_all_channel_projections() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_all_connectivity_matrices() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_all_density() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_avg() (analyseur.cbgtc.visual.peristimulus.VizPSTH class method) (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram class method) plot_avg_coi() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram class method) plot_avg_coi1() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram method) plot_avg_coi2() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram method) plot_avg_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.peristimulus.VizPSTH class method) plot_channel_projection() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_cluster() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_cluster_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_collection() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) plot_collection_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) plot_connectivity_matrix() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_current_distrib() (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib) plot_current_distrib2() (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib) plot_degree_distribution() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_density() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_global_connectivity() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_global_density() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_global_in_ax() (analyseur.rbcbg.visual.powspec.VizPSD class method) plot_heatmap() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_heatmap_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_isi_distrib() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_latencydist() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_latencydist_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_mean_rate_all_neurons_across_time_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_mean_rate_in_ax() (in module analyseur.rbcbg.visual.rate) plot_mean_rate_isi() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_mean_rate_isi_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_mean_rate_spikecounts_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_observables() (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.observables)

plot_pcatraj() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) plot_pcatraj_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) plot_pool() (analyseur.cbgtc.visual.peristimulus.VizPSTH class method) plot_pool_avg_inst_rates() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_pool_avg_inst_rates_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_pool_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.peristimulus.VizPSTH class method) plot_popcount_dist_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) plot_popcount_vs_time_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.popact.VizPopAct class method) plot_population_connectome() (analyseur.cbgtc.visual.connections.Conn method) plot_PSD_of_rate() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_PSD_of_rate_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD static method) plot_raster() (in module analyseur.cbgtc.visual.markerplot) plot_raster_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.markerplot) plot_rate_all_neurons_in_ax() (in module analyseur.rbcbg.visual.rate) plot_ratechange() (in module analyseur.cbgtc.visual.markerplot) plot_ratechange_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.markerplot) plot_ratedist() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_ratedist_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_ratevar() (analyseur.cbgtc.visual.popurate.PSRH method) plot_single() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram method) plot_spike_counts_distrib() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_spike_counts_distrib_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_spike_density_distrib() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_spike_density_distrib_line_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_spike_density_distrib_stacked_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.distribution) plot_spiketrain_in_ax() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plot_sum() (analyseur.cbgtc.visual.scalo.Scalogram class method) plot_true_avg_inst_rate() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_true_avg_inst_rate_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.rate) plot_tv_in_axis() (analyseur.rbcbg.visual.powspec.VizPSD class method) plot_with_spiketrains() (analyseur.cbgtc.visual.powspec.VizPSD class method) plotCV() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) plotCV2() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) plotCV2_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) plotCV_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) plotH_current_distrib() (in module analyseur.cbgtc.visual.composite.current_distrib) plotLV() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) plotLV_in_ax() (in module analyseur.cbgtc.visual.variation) pool_avg_inst_rates() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method) PopAct (class in analyseur.cbgtc.stats.popact) PowerSpectrum (class in analyseur.cbgtc.stats.psd) (class in analyseur.rbcbg.stats.psd) preprocess() (in module analyseur.rbcbg.curate) PSRH (class in analyseur.cbgtc.visual.popurate) PSTH (class in analyseur.cbgtc.stats.psth)

R

Rate (class in analyseur.cbgtc.stats.rate)

rbcbg.spectrograms module

S

safe_plot() (in module cbgtc.observables) safe_plot_spectra() (in module cbgtc.observables) scale_to_freq() (analyseur.cbgtc.stats.wavelet.ContinuousWaveletTransform static method) Scalogram (class in analyseur.cbgtc.visual.scalo) SignalAnalysisParams (class in analyseur.cbgtc.parameters) (class in analyseur.rbcbg.parameters)

SimulationParams (class in analyseur.cbgtc.parameters) (class in analyseur.rbcbg.parameters) smooth_signal() (analyseur.cbgtc.stats.wavelet.ContinuousWaveletTransform static method) Sparsity (class in analyseur.cbgtc.analytics.ratesparsity) SpikingStats (class in analyseur.cbgtc.visual.tabular) Synchrony (class in analyseur.cbgtc.stats.sync)

T

thalamus_to_cortex() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method)

true_avg_inst_rates() (analyseur.cbgtc.stats.isi.InterSpikeInterval class method)

V

Variations (class in analyseur.cbgtc.stats.variation) VizPopAct (class in analyseur.cbgtc.visual.popact) VizPSD (class in analyseur.cbgtc.visual.powspec) (class in analyseur.rbcbg.visual.powspec)

VizPSTH (class in analyseur.cbgtc.visual.peristimulus) volt_trace_collections() (analyseur.cbgtc.visual.measurable.VoltageTrace class method) VoltageTrace (class in analyseur.cbgtc.visual.measurable)

W

within_bg() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method)

within_cortex() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method) within_thalamus() (analyseur.cbgtc.loader.FetchConnectionList class method)

Z

zscore_normalize() (in module analyseur.rbcbg.curate)